מטרתו של המחקר המדעי הוא הרחבת הידע האנושי והבנת תהליכים בטבע ובעולם האדם.

העיקרון של חופש אקדמי הוא עיקרון יסוד בחשיבה האקדמית. ואולם, אין הוא עיקרון אבסולוטי. במקרים של התנגשות עם עקרונות יסוד אחרים יש לשאוף לאזן ביניהם.

מחקרים מדעיים המערבים בני אדם כפופים להגבלות מוסריות הקשורות הן באשר לאופן ניהול המחקר והן באשר לתוצאותיו ולהשלכותיו.

זכויותיהם של בני אדם המעורבים במחקר - ישירות או בעקיפין - רווחתם וכבודם, צריכים לעמוד לנגד עיניהם של העוסקים במחקר מדעי. הדאגה לאדם המשתתף במחקר וכן ההשלכות הרחבות יותר של המחקר חייבות תמיד להילקח בחשבון לעומת העניין המדעי. אף כי עניינם של העקרונות להלן הוא בראש ובראשונה בהגנה על האנשים המעורבים ישירות במחקר, על החוקר לנקוט זהירות ראויה גם בכל הנוגע להשפעות הפוטנציאליות של המחקר על החברה. 

כל מחקר מדעי שבו מעורבים בני אדם יהיה כפוף לעקרונות אלה.

בנובמבר 2022 אישרה הוועדה המתמדת של האוניברסיטה את נוהל האתיקה החדש של האוניברסיטה העברית. כל מחקר שמערב בני אדם חייב לעמוד בדרישות הנוהל ולקבל אישור של ועדת האתיקה הרלוונטית.